Hola.
Primero que nada aclarar que tener instalados 2 antivirus causa conflictos.
Respecto al firewall, yo te recomiendo no desactivar el firewall de windows..
No deves instalar el nod32 y kaspersky, estos dos podrian ocacionar problemas en tu PC si estan instalados ambos.
kaspersky y el kaspersky Internet securityTe recomiendo instalar solamente una y no ambas.
Y respecto a tu tercera consulta.
Realizar limpiezas en el registro y en archivos temporales con varios programas no daña tu PC, solo la limpias al maximo

Es recomendable realizar el mantenimiento a proba de fallos porque cuando windows se inicia normalmente, carga todos sus archivos de inicio, y con eyo carga los virus, gusanos, spywares, rootkits etc..
mintras que en modo seguro (modo a prueba de fallos) solo se limita a cargar una pequeña lista de archivos.