hola
1) puede que lo hayas desinstalado mal, en ese caso reinstala y desinstala
2) no dices que programas, algunos programas por ejemplo como los norton necesitan de herramientas que proporciona la misma compañia para ser desinstalados
3) has limpieza con ccleaner y disk cleaner
4) puedes usar también el regseeker bueno sólo si sabes usarlo ya que es algo riesgoso, pero con los dos anteriores no deberías tener problemas,
además puedes liberar espacio del disco, y si tienes activado restaurar el sistema borra desde el punto de restauración mas reciente, si no necesitas usar algún punto anterior.
5) y Para quitar programas obsoletos que dejan residuos utiliza esta herramienta: Locked Files Wizard (antes conocido como CopyLock)
http://locked-files-wizard.softonic.com/(en última instancia manualmente vas a inicio abrir todos los usuarios y quitas la carpeta residual que dejó el programa antiguo y listo.)
resumiendo lo fundamental es que hagas limpieza con ccleaner y disk cleaner, y puntualmente acá el Locked Files Wizard.
Saludos.